비영리법인 정관변경허가 떠넘긴 복지부에 권익위 시정권고

핵심요약

기사 핵심 요약

국민권익위원회는 지자체와 보건복지부 간 관할 다툼으로 반려된 비영리법인의 정관변경허가 민원에 대해 보건복지부가 직접 처리하도록 시정권고했다. 또한 복수 시·도 활동 법인의 주무관청 판정 기준을 정비하라는 제도개선 의견표명도 함께 전달했다.

권익위는 2개 이상 시·도에서 활동하는 비영리법인의 정관변경허가 민원을 복지부가 처리하도록 권고했다.

• 복수 시·도에서 활동하는 비영리법인의 주무관청은 보건복지부로 판단됐다.
• 소관 기관이 아닌 지자체의 일방적 민원 반려는 민원처리법 위반으로 지적됐다.
• 권익위는 관할 혼선을 예방하기 위한 업무 절차 및 기준 개선을 권고했다.

비영리법인 정관변경허가 신청이 주무관청을 둘러싼 행정기관 간 이견으로 반려되자 국민권익위원회가 상급 주무관청인 보건복지부가 민원을 직접 처리해야 한다고 시정권고했다. 두 개 이상의 시·도에 걸쳐 사무소를 두고 활동하는 비영리법인은 현행 법령상 보건복지부가 관할 주무관청에 해당하므로, 관할 판단 기준을 명확히 정립하고 관련 행정 절차를 개선하라는 제도개선 의견표명도 함께 이뤄졌다.

보건복지부와 지방정부 사이 핑퐁으로 표류한 민원

비영리법인 정관변경허가 신청을 둘러싼 이번 분쟁은 2019년 A지방정부의 인가를 받아 설립된 비영리법인 ㄱ법인이 활동 반경을 넓히는 과정에서 촉발됐다. ㄱ법인은 2023년 사업지역 확장을 추진하면서 주사무소를 B지방정부 관할 구역으로 이전했고, 기존 A지방정부 관할 내에 있던 사무소도 폐쇄하지 않고 그대로 유지했다. 이로 인해 주사무소 관할 변경에 따라 업무가 B지방정부로 넘어갔으며, B지방정부가 한동안 ㄱ법인의 지도·감독 업무를 수행해 왔다.

갈등은 2026년 ㄱ법인이 고유 목적사업을 추가하기 위해 B지방정부에 정관변경허가를 정식으로 신청하면서 수면 위로 떠올랐다. B지방정부는 ㄱ법인이 2개 시·도에 걸쳐 사무소를 운영하고 있다는 점을 들어 보건복지부에 정관변경 허가 여부에 대한 사전 검토를 요청했다. 그러나 보건복지부는 이번 정관변경 신청 건이 사업지역 자체를 추가로 확장하는 내용이 아니라는 사유를 들어 소관 사무가 아니라고 판단하고 B지방정부로 서류를 돌려보냈다.

B지방정부는 보건복지부의 반려 결정을 근거로 삼아 ㄱ법인의 정관변경허가 신청을 최종적으로 반려 처분했다. 신청서를 받아들여 검토할 주무관청을 찾지 못한 ㄱ법인은 행정기관 간 관할 떠넘기기로 인해 사업 추진이 가로막히자 국민권익위원회(국민권익위, 2026)에 고충민원을 접수했다. 부처 간 책임 미루기로 민원 처리가 지연되는 행정 관행은 과거 국민연금 산재 중복급여 선삭감 후정산 관행 개선 사례처럼 일선 국민과 법인의 권익을 침해하는 주요 원인으로 지적돼 왔다.

활동 범위와 민원 이송 절차에 따른 권익위의 법리 판단

국민권익위원회는 비영리법인의 주무관청 지정 여부는 개별 신청 안건의 세부 내용이 아니라 법인이 실제로 활동하는 지리적 범위를 기준으로 결정해야 한다고 판단했다. 관련 법령과 행정 지침에 따르면 보건복지부 소관 비영리법인 중 하나의 시·도 관할 안에서만 고유 활동을 펼치는 법인은 해당 광역자치단체가 주무관청을 맡는다. 반면 둘 이상의 시·도에 걸쳐 사업을 영위하고 사무소를 둔 법인은 중앙행정기관인 보건복지부가 직접 관할권을 행사하도록 규정돼 있다.

표: 활동 범위에 따른 비영리법인 주무관청 구분 및 조치 기준

활동 범위(시·도 수)	법적 주무관청(기관)	정관변경 허가권자(기관)	소관 외 접수 시 조치(법적 의무)
1개 시·도 관할 내	해당 지방정부	해당 지방정부	소관 지자체 이송
2개 이상 시·도 관할	보건복지부	보건복지부	보건복지부로 민원 이송

활동 범위가 2개 이상의 광역 시·도로 확대된 비영리법인은 주무관청이 보건복지부로 변경되므로 개별 민원 신청 시에도 보건복지부가 직접 인허가 여부를 심사해야 한다(국민권익위원회, 2026).

권익위 조사 결과 ㄱ법인은 이미 2023년 사업지역을 확장하면서 A지방정부와 B지방정부 두 곳 모두에 공식 사무소를 설치해 운영해 온 것으로 확인됐다. 보건복지부 자체 업무편람에서도 비영리법인의 사업 활동 범위가 여러 시·도로 넓어질 경우 정관변경의 최종 허가권은 보건복지부에 속한다고 명시하고 있다. 따라서 이번 신청이 사업지역 확장이 아닌 단순 목적사업 추가라 하더라도 이미 광역 단위로 활동 중인 법인의 정관변경허가는 보건복지부 소관이라는 것이 권익위의 판단이다.

B지방정부의 행정 처리 방식 역시 「민원 처리에 관한 법률」에 위배된다는 지적이 나왔다. 행정기관은 접수한 민원이 다른 기관 소관일 경우 이를 일방적으로 반려할 수 없으며 관련 법률에 따라 정당한 권한을 가진 소관 기관으로 이송해야 한다. 이에 권익위는 B지방정부에 ㄱ법인에 대한 반려 처분을 취소하고 보건복지부로 서류를 이송하도록 요구하는 한편, 보건복지부에는 이송된 정관변경허가 신청을 넘겨받아 실질적으로 심사하라는 시정권고를 의결했다.

반복되는 행정 공백 차단 위한 제도개선 의견표명

국민권익위원회는 이번 사건이 일선 행정청의 단순 과실이 아니라 복수 시·도 활동 법인에 대한 명확한 판정 기준과 표준 업무 절차가 미비해 발생한 구조적 문제라고 진단했다. 지자체와 중앙부처가 법인의 활동 범위를 판단하는 잣대를 서로 다르게 해석하면서 민원인에게 부당한 피해가 전가된 만큼 제도적 안전장치 마련이 불가피하다는 결론을 내렸다. 국민권익위원회 2026년 10월 22일 공식 보도자료에 따르면 권익위는 지자체의 행정 여건과 업무역량을 종합적으로 고려한 주무관청 판정 기준을 정비하도록 보건복지부에 제도개선을 공식 권고했다.

현장에서는 비영리법인이 지사를 설치하거나 사업 대상 지역을 넓힐 때 주무관청이 광역자치단체에서 중앙부처로 승계되는 과정에서 혼선이 빈번하게 일어난다. 명확한 가이드라인이 부재하면 기관 간 책임 공방이 발생하기 쉽고, 그 과정에서 정관 개정이나 신규 목적사업 착수가 수개월씩 지연되는 행정 공백이 불가피하다. 권익위는 복합 관할 법인의 정관변경 심사 매뉴얼을 명문화하고 부처와 지자체 간 사전 협의 경로를 제도화해야 한다고 강조했다.

민성심 국민권익위 고충처리국장은 "관계 행정기관 간 판단이 엇갈리면 그 불편은 고스란히 국민에게 돌아간다"라며, "이번 시정권고로 비영리법인의 정관변경 허가신청이 신속히 처리되는 한편, 관련 제도가 보완되어 비슷한 불편이 되풀이되지 않게 될 것으로 기대된다"라고 밝혔다.

자주 묻는 질문

둘 이상의 시·도에서 활동하는 비영리법인의 정관변경허가 주무관청은 어디인가요?

2개 이상의 광역 시·도에 걸쳐 사무소를 두고 활동하는 비영리법인은 현행 법령과 업무편람상 중앙행정기관인 보건복지부가 법적 주무관청에 해당합니다.

행정기관이 관할 소관이 아닌 민원을 접수했을 때 바로 반려해도 되나요?

「민원 처리에 관한 법률」에 따라 행정기관은 접수한 민원이 타 기관 소관일 경우 일방적으로 반려할 수 없으며, 정당한 권한이 있는 기관으로 이송해야 합니다.

단순 목적사업 추가 시에도 활동 범위에 따라 복지부가 처리해야 하나요?

네, 주무관청 관할은 신청 안건의 세부 내용이 아닌 법인의 실제 활동 범위를 기준으로 결정되므로 광역 단위 활동 법인의 변경허가는 보건복지부 소관입니다.